Gara Botoșani a fost proiectată în 1867, odată cu linia de cale ferată și a fost inaugurată în anul 1872, odată cu tronsonul de cale ferată Botoșani-Verești.
Proiectul de arhitectură a fost realizat de concernul austriac Victor von Offenheim, iar proiectul tehnic a fost realizat de matematicianul si fizicianul român Elie Radu.
Printre personalităţile locale care au admirat gara precum Enescu, Eminescu, Iorga.
Un alt personaj care a cunoscut gara este şi George Călinescu; fiind fiu de impiegat, acesta a copilărit o perioadă în gară, legându-şi primele amintiri de aceasta şi orașul Botoșani, în perioada când tatăl său a fost detaşat la Botoșani.
In gara din Botoşani, se spune că ar fi ajuns tot cu trenul în civil şi incognito regele Ferdinand I care ar fi venit la pritenul său, negustorul Boris Moscovici de la Botoşani.
Primăria Botoșani și-a declarat intenția să o preia de la Ministerul Transporturilor pentru a o transforma în muzeu.
